Правила проведения приходных накладных по безналу:

При оприходовании товара обязательно указывать номер входящего документа. Входящий документ это не СЧЕТ, а номер товарной накладной или номер УПД универсальный передаточный документ:

Приходная накладная создается на ОСНОВАНИИ Заказа поставщику, обязательно сверять сумму НДС в нашей приходной накладной с УПД поставщика.!!! Как правило 1с, сама высчитывает НДС при выборе ставки, но округление НДС в разных системах может отличаться. Достаточно сверить общую сумму документа и общую сумму НДС, если не совпадает, то проверяйте построчно. 

Далее на вкладке дополнительно обязательно вносить номер входящей счет-фактуры:

Номер счет-фактуры берется с самой счет-фактуры, если поставщик не дал вам счет фактуру, то он вам дает УПД (универсальный передаточный акт). Тогда номер счет-фактуры и номер входящего документа будет одинаковым.

Далее желательно ставить галочку зарегистрировать  приходные цены в каталоге товаров, благодаря этому можно будет видеть цены закупки в справочнике Номенклатура.

Внимание!!! 

Для работы с поступление товаров основной документ “Заказ поставщику”, оплату прикреплять к заказу поставщику, когда придет товар - приходную накладную проводить на основании Заказа поставщику. При этом в заказе поставщику нужно выбирать счет с которого была или будет оплата:

При выборе кассы или счета 1с сама проставит БН. Если по каким-то причинам к вам пришел товар, а закрывающих документов нет или не будет - то проводите приходную накладную и в комментарии обязательно пишите, что нет закрывающих документов.

Для поставщиков с предоплатой механизм такой:
Создаем заказ поставщику-Оплачиваем-Ждем доставку-Приходуем товар

Для поставщиков с постоплатой механизм такой:
Создаем заказ поставщику-Приходуем товар-Оплачиваем